Sylvain Prunenec a suivi une formation de danse classique au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris puis de danse contemporaine auprès de Ruth Barnes. En 1989, il participe à la création d’insurrection d’Odile Duboc, puis rejoint, en 1990, la compagnie bagouet. Il y interprète meublé sommairement, necesito, so schnell et sous la direction de Trisha Brown, one story as in falling.
À partir de septembre 1993, il danse avec Odile Duboc : projet de la matière, pour mémoire, brins d'histoires, avec Hervé Robbe : id et V.O. avec les carnets bagouet pour le remontage d’assaï de Dominique Bagouet. Il est interprète auprès de Nathalie Collantes, Loïc Touzé et Boris Charmatz. Il a crée si c'est un nègre / autoportrait de Faustin Linyekula dans le cadre du Vif du Sujet au Festival d'Avignon.
Par ailleurs, il prend part au Studio prosodique consacré à Rimbaud (lectures improvisées) de Christian Rist et à la création multimédia did you ever see Piedmontese hills ? (2001) de Célia Houdart. Au cinéma, il tourne dans Jeanne et le garçon formidable (1998) d’Olivier Ducastel et Jacques Martineau et dans le film de Jean-Paul Civeyrac à paraître toutes ces belles promesses (prix Jean Vigo 2003) avec Jeanne Balibar et Bulle Ogier. Depuis 1995, Sylvain Prunenec crée ses propres pièces, toujours en collaboration avec des musiciens : verso vertigo (1996), bâti (1998) avec Fred Bigot, musicien électronique - zarb (2000), la finale (2002) et fronde éthiopia (2002) avec Françoise Rivalland, percussionniste. Au travers des éléments qu’elles lui livrent, ces collaborations l’amènent à questionner sa propre pratique de la danse.
Suite à une tournée en Afrique de l’Est en 1998, il est invité à Addis Abeba en mai 2000 pour travailler avec une jeune compagnie de danse éthiopienne, Adugna. Au terme de plusieurs sessions de formation et de recherche (il est lauréat de la Villa Medicis hors les murs pour ce projet) il crée avec quatre danseurs issus de cette compagnie fronde éthiopia, dans le cadre du Festival montpellierdanse en juillet 2002.
Sylvain Prunenec est actuellement artiste en résidence au Forum Culturel de Blanc-Mesnil.